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男女DNA有极高的相似性，人与人DNA相似度本就在99%以上，男女DNA的差异主要在Y性染色体，女性不存在这条染色体，而这条染色体上的基www.nfysw.com因主要决定男性的性别。
总体而言，人类不同的个体之间是大量的相似和少量的个体差异，人都有鼻子眼，这就是基因的相似性决定的，而有些人是双眼皮有的是单眼皮，这又是基因的差异决定的，而综合看来，人类的外部特征基本一致，也就是说人类的基因本身就是有大量的相似和少量的差异组成的。两性繁衍的生物都有一定的性别决定模式，对于人类而言就是X、Y的差异。
人类的染色体组是22对常染色体和1对性染色体，常染色体男女没什么差异，差异主要体现在不同的人群，比如亚欧非居民的鼻腔构造、唇构造的差异，而这些差异只是大同小异，几乎不存在有的人有嘴唇有的没有嘴唇，表现在基因上就是很少的碱基序列的差异。而性染色体的差异就大多了，在猿到人类的400多万年的演化历程中，性染色体发生了极大的变化，Y染色体的长度不断地缩短，抛弃了很多用处不是很大的基因，大概在于减少了不很重要的基因的能量消耗，如今的Y染色体只剩下决定男性性别这个作用。
Y染色体中的DNA碱基对数量比较少，基因的数量也比较少，在和X性染色体配对的时候，X染色体有大量的非同源区段，相应的基因因为没有等位基因的限制，可以自由地表达功能，也有和Y染色体少量的同源区段，可以协助Y染色体的功能，Y染色体还有和X染色体很短的非同源区段，主要的作用就是决定男性的性别。
人类两性繁衍的模式早在数亿年前就已经存在，由于结合了雌雄双方的基因，两性繁殖的模式使得后代具备更多样的基因，更有利于子代存在于复杂的环境中，因此在自然选择中两性繁衍的模式逐渐成为大型物种共通的生殖模式。这种现象称为“辐射演化”，是由于生物获得了某种有利的性状，在后续的演化历程中随着地理隔离、新物种的形成将优势基因传递给多种后代。
从生理构成上看，女性的生殖道和尿道是分离的，而男性的生殖道和尿道是同一个通道，所以有人认为女性在结构上比男性更高级，这反映了早期的生物演化理论秉承阶梯进化的模式，也就是所谓的低级到高级，简单到复杂的演化模式。然而现代的研究现实生物的演化是始于基因，而基因会随着外界的物理化学生物因素而不断地突变，环境选择压力实际上是从已经存在的基因库中挑选那些能够适应环境的个体，从这方面看就不存在谁低级谁高级的问题。
女性的生理构造之所以比男性复杂就在于X、Y性染色体的非同源区段，其中含有很多胚胎发育的关键基因，也使得人类的胚胎最早都是无性别的，从外观看都是向着女性发育的，只是到了一定阶段后基因选择性表达，决定男性性别的Y染色体基因开始发挥作用，使得尿道和生殖道分离或者统一，形成了男性和女性。
其它方面的差异并不是很大，人类都是十分相似的外部构造，都是一个鼻子俩眼，区别在于由于紫外线、空气湿度、温度等因素，比如亚欧非居民的鼻腔构造稍有差异。但这和男女性别无关，只和某个人类族群历史上经历的环境有关，不管是男是女都是差不多的。性别相关的还有有些伴性遗传的疾病，比如红绿色盲，这种疾病是定位于性染色体上的隐性基因遗传病，母亲患此病，儿子必定患此病，父亲患此病，女儿必定携带相应的基因。
还有一个问题是DNA的表观遗传，DNA是遗传物质不假，但是基因只是DNA上的功能片段，大多数的DNA序列并不承担生理功能。男女在激素等方面存在差异，或许会导致男女基因的修饰的差异，而人体的核酸、蛋白等物质都是经过修饰后才能发挥作用的，所以这方面的差异也会导致男女之间基因表达的差异。
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